El colon debe estar vacío, es indispensable la limpieza completa de los intestinos para lo cual el médico dará las respectivas instrucciones, que pueden ser no comer alimentos sólidos durante dos o tres días antes del examen y tomar laxantes. Además, por lo general se solicita al paciente que deje de tomar ácido acetilsalicílico, ibuprofeno, naproxeno u otros medicamentos anticoagulantes durante varios días antes del examen. A su vez, también se le pedirá al paciente que beba abundante cantidad de líquidos claros los días previos a la prueba, como son el café o té puro (sin leche), el caldo o concentrado de carne sin grasa, la gelatina, las bebidas para deportistas, los jugos de frutas colados y el agua.
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