La Enfermedad de Crohn puede afectar a cualquier localización del tubo digestivo que va desde la boca al ano, mientras que la Colitis Ulcerosa solo afecta al intestino grueso (el colon). La Enfermedad de Crohn puede afectar a todas las capas del tubo digestivo afectando a la capa interna (mucosa), capa intermedia (pared) y externamente (mesenterio), mientras que la Colitis Ulcerosa solo afecta a la capa interna (mucosa). Esta diferencia es muy importante porque hace que las dos enfermedades puedan tener síntomas clínicos y complicaciones diferentes. Otro aspecto importante es que la Enfermedad de Crohn puede afectar de forma parcheada con áreas respetadas entre áreas enfermas, mientras que la Colitis Ulcerosa lo hace de forma continua desde el recto, con mayor o menor extensión, hasta el ciego.

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