Para realizar un diagnóstico correcto de la fístula anal se debe llevar a cabo en el paciente una exploración minuciosa y cuidadosa del canal . Asimismo y para evitar el dolor, sistemáticamente la zona será lubricada antes del tacto rectal con cremas que llevan anestésicos locales. Además, la exploración debe realizarse con anoscopios de mínimo calibre que permitan pasar con las mínimas molestias para el paciente, con el fin de que quede reflejado tanto el trayecto de la fisura como la patología asociada: hemorroides, papilas hipertróficas, etcétera. Cabe señalar que estas formaciones intentan salir con la defecación pero al estar adheridas al canal no pueden eliminarse, pero sí hacen aumentar y perdurar la fisura al rasgar la zona anal.
Por otro lado, en las fisuras crónicas y según el aspecto, el médico debe hacer el diagnóstico diferencial para descartar la posibilidad de úlceras por enfermedades venéreas (sífilis), así como también se llevarán a cabo las pruebas necesarias para descartar el cáncer anal y la enfermedad de Crohn.
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