Actualmente la causa por la que se desencadena la enfermedad es desconocida se han implicado a agentes microbianos, la dieta, factores psicoemocionales, tóxicos, etc. Lo que si parece ser cierto es que estas enfermedades se desencadenan en personas que tienen una predisposición genética para padecerla, en los cuales se produce una alteración en como el organismo del paciente responde a la flora microbiana que reside en el propio intestino del enfermo y esta da lugar a una alteraciones del sistema de defensa (sistema inmunológico), que hace que se produzca una proceso inflamatorio anómalo en el intestino y que además se perpetúe en el tiempo.
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