Habitualmente la Colitis Ulcerosa se caracteriza por un incremento en el número de las deposiciones diarias, de consistencia menor de la habitual o incluso líquidas (diarrea). Las heces pueden ir acompañadas de sangre y/o moco, además el paciente siente necesidad de ir corriendo al baño (urgencia) o se le escapan las deposiciones (incontinencia), y cuando ha acabado de realizar la deposición tiene sensación de que todavía no ha acabado (tenesmo). Esa necesidad de ir al baño les puede despertar incluso por la noche. También suele ocurrir que los pacientes presenten dolor en el piso abdominal inferior, que se incrementa y disminuye en función de las deposiciones.

En la Enfermedad de Crohn los síntomas que pueden aparecer son variables, en función de la localización de la enfermedad y de las capas del intestino afectadas (lo que se conoce como comportamiento de la enfermedad). Cuando lo que predomina es la inflamación de la mucosa, los síntomas pueden ser muy parecidos a los que se han descrito en la colitis ulcerosa. Cuando la luz del intestino se estrecha habitualmente por afectación de la pared, los síntomas más habituales son las náuseas, los vómitos y el dolor abdominal, que se incrementa cuando se come y disminuye cuando se deja de comer. Finalmente, cuando  todas las capas del intestino están afectadas se puede producir la ruptura del intestino, dando lugar a la aparición de dolor que será mas o menos rápido en su instauración dependiendo de cómo se instauran las complicaciones.

Por lo tanto, en la Enfermedad de Crohn pueden aparecer trayectos dentro del abdomen que pueden comunicar diferentes estructuras tanto intestinales como extraintestinales, como con el exterior del abdomen ( conocidas como fístulas cerradas o abiertas), la aparición de colecciones de líquido en el intestino que se pueden infectar (abscesos intraabdominales), o la ruptura total del la pared abdominal dando lugar a un abdomen agudo.

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